二尊院と呼ばれるのは、釈迦如来と阿弥陀如来の二体の仏像を本尊とするため。境内には伏見城の薬医門を移した総門をはじめ、堂々とした建物がいくつも建ち並び、角倉了以・伊藤仁斎など名家・文人・学者のお墓も数多くある。広い参道や石段、築地塀などは春には新緑、秋には紅葉で染まり、風情あるたたずまいをみせる。