館蔵品及び社寺などからの寄託品を保存・調査研究するとともに展示している。赤レンガ造りの明治古都館は明治期の重厚な建築で重要文化財に指定されている。（免震改修計画を進めるため、当分のあいだ展示を休止中。）平成26年（2014）にオープンした平成知新館では、館蔵品・寄託品をあわせ約14,000件（平成30年度末現在）の収蔵品の中から絵画、書跡、彫刻、考古、工芸品など、様々な分野にわたる文化財を名品ギャラリーにて展示しているほか、特別展も開催。