二の丸庭園は神仙蓬莱の世界を表した庭園と言われ、作庭の年代については記録や作風から、慶長7年～8年頃（1602～1603 家康時代）二条城が造営されたときに、その建築に調和させて作庭されたものと推測される。寛永3年（1626 家光時代）の後水尾天皇行幸のために一部改修を加えられた。後水尾天皇行幸時の姿は、新たに増築された行幸御殿、中宮御殿、長局等に取り囲まれた中庭的な庭園としてつくられ、池の中に御亭を建て、池の中央に3つの島、4つの橋を併せ持ち、二の丸御殿（国宝）大広間上段の間（将軍の座）、二の丸御殿黒書院上段の間（将軍の座）、行幸御殿上段の間（天皇の座）・御亭の主に三方向から鑑賞できるように設計されている。