神子栄尊という僧侶（1195–1273）は、当時宇佐神宮の宮司であった宇佐公仲から提供された財政的な支援によって、1243年に円通寺を設立しました。伝説によれば、栄尊は宇佐神宮で祀られている八幡神との強い繋がりがありました。円通寺の位置は、2つの施設の関係を表していると言われています。寺院への道と門、そして本堂が宇佐神宮の北の参道と同じ直線上にあります。 栄尊は九州の北部出身の禅僧で、1235年に仏教を学ぶために中国へ行きました。伝説によると、彼は日本に帰国した後、安全に旅ができたお礼を八幡神に申し上げるため1243年に宇佐神宮を参拝しました。この機会を利用して、栄尊は学んだ仏教の教えを伝え、八幡神から栄尊に「神師（神の師）」の称号を授けるというご託宣を受けました。しかし栄尊は、その意味が「神の子」になるように、漢字の1つを置き換えることを選択し、名前をより謙虚なものにしました。 円通寺の設立に加え、栄尊は歴史上何度も全焼した弥勒寺という寺の再建に大きく貢献しました。弥勒寺は宇佐神宮の境内にあった神宮寺（何世紀にもわたった神仏習合の時代における宇佐神宮の最も重要な寺院）であり、宗教的そして経理的な役割の両方を果たしていました。宇佐神宮は栄尊の貢献を認め、境内から遠く離れているにも関わらず、円通寺にも神宮寺と同様の扱いをしました。 円通寺の本堂内の仏壇の前には、2つの木彫りの頭