境内の土佐十一烈士墓は、慶応4年(1868年)に起った堺事件で切腹した土佐藩士11名の墓です。堺港に上陸してきたフランス軍艦の兵に対し、堺の警固にあたっていた土佐藩士が阻止しようと22名を殺傷したもので、公使が藩士の斬刑や謝罪など五ケ条の要求を提出し抗議しました。隊長ら20人の切腹が妙國寺本堂庭前で、フランス人士官等の立ち合いのもと行われましたが、11人が切腹した時点でその悲惨さに中止を命じられました。箕浦隊長達11名の亡骸は妙國寺北隣の宝珠院境内に葬られ、墓碑は土佐藩主により建てられ後に修復されました。開国期の外交関係の歴史を語り伝える遺跡として重要で、国の史跡に指定されています。事件の詳細は旧｢堺市史｣等に紹介され、小説には森鴎外の｢堺事件｣や大岡昇平の｢堺港攘夷始末｣などがあります。