この一室のみの資料館は、潜伏キリシタン関連遺産の世界遺産登録に向けた長崎の取り組みの一環として、2018年に開館しました。外海潜伏キリシタン文化資料館は、枯松神社と祈りの岩がある丘のふもとにあります。枯松神社は、日本人伝道師バスチャンの師であった外国人宣教師サン・ジワンの墓所に建てられました。バスチャンは、2世紀半にわたる禁教期中、日本の潜伏キリシタンたちの典礼暦となった1634年の教会暦を編纂したことで有名です。この資料館には20世紀初期のバスチャン暦が多数あります。伝統的に、地元のキリシタン共同体の指導者（帳方）は、就任時にこの暦を書き写し、自分で使う写しを作成していました。 展示品は2つのグループに分かれています。一方はイエズス会のシンボルであるサルバトール・ムンディのメダイがつけられた聖骨箱や聖母マリアの代わりに地元の人々が崇拝していた青銅製の観音像など、16世紀と17世紀のキリスト教伝来期の遺物です。もう一方は、フランス人司祭たちが長崎に戻り、キリシタン共同体を「再発見」してロザリオやメダルを信者に配り始めた19世紀後半の品々です。キリスト教は1865年の「信徒発見」後も8年間禁止されていたため、信者たちは竹を節のところで切って作った竹筒にこれらのキリスト教関連の品々を隠す慣習を続けました。こうした竹筒もいくつか展示されています。