館内には、山鹿市を中心とした菊池川流域の考古資料のほか、歴史や民俗資料を多数展示。全国で唯一の石包丁形鉄器や30数例ほどの巴形銅器などの貴重な資料も見学できます。周辺は肥後古代の森公園として整備され、江戸時代後期の民家や県内屈指の用水橋が移設復元されています。