御祭神は、神武天皇の皇后である媛蹈鞴五十鈴媛命が祀られています。元々は1878年（明治11年）頃までは熊野権現として伊弉册尊が祀られていました。しかし1887年（明治20年）頃になって、式内社の東大谷日女命神社の論社とされて御祭神を伊弉册尊から神功皇后に変更されましたが、更に御祭神を神功皇后から媛蹈鞴五十鈴媛命に再度変更されています。