この9世紀の仏教寺院への参道は、樹齢500年の杉並木の石段を登る。色あせながらも印象的な本堂からは、15棟の伽藍と高さ24メートルの銀杏の木が見渡せる。 佐渡の古い伝説によると、805年、桓武天皇（735-806）から佐渡に派遣された僧侶が、佐渡に新たに寺を建てるよう指示された。荒野を旅していた僧は、近くの川に光るものを見つけた。水源まで辿り着き、松の木の麓で一夜を明かした。翌日、目を覚ますと、目の前に天の童子が立っていた。その童子に寝ている場所に寺を建てるように告げられたのが、清水寺の始まりである。808年に開山された。 清水寺という名前は漢字で "清らかな水 "と書く。一見偶然のように見えるが、この漢字は京都の清水寺と同じである。(清水寺の方がよく知られているが、創建は清水寺（せいすいじ）の方が先である。) この2つの寺院には、他にもつながりがあり、現在の本堂は1730年に建てられたもので、清水寺で最も古い建物である。境内を見下ろす丘の中腹に建ち、堂の正面からは高い柱に支えられた木製の舞台が伸びている。このデザインは、清水寺の有名な見晴らし台に似ている。本堂の本尊は千手観音菩薩像である。京都の清水寺の千手観音像を模したものとと伝えられている。