萩原天神一帯は奈良時代の僧行基の開基と伝わる「萩原寺」が数院の塔頭を有し、古より神仏の聖地として信仰を集めていました。伝えでは、一千年余り前に境内地に道真公を祀ったのが「萩原天神」の始まりと言われます。その後、南北朝の戦いで一帯は兵火に遭い、焼け跡に「萩原天神」を再建し、「萩原寺」を構成する六寺院を近在の村に遷しました。鎮座地の地名「原寺」は「萩原寺」の萩を略したものと思われます。また、本殿脇に保存されている旧本殿は桃山様式を忠実に残した約350年前の建造物で、常時公開しています。