新屋島水族館は、屋島の山頂、屋島山上交流拠点の横にある小さくて家族向けのアトラクションである。1969年に「屋島山上水族館」としてオープンし、2019年に大規模なリニューアルと名称変更を行った。1970年には、世界の水族館で初めて大型アクリル水槽を導入した。この水槽は香川県三木町に本社がある日プラ社によるもので、現在はカリフォルニア州のモントレーベイ水族館やアラブ首長国連邦のドバイ水族館など、世界中の水族館で使用されている。 水族館には大小80の水槽に約150種類の海の生き物が集まっている。その中でも特に人気があるのは、ペンギン、カワウソ、アメリカマナティーだ。屋島水族館には2頭のアメリカマナティーがおり、沖縄美ら海水族館と並んで、日本で2つしかないこの動物を見ることができる施設だ。 アザラシやバンドウイルカが水中や水上でアクロバティックな芸を披露するショーが定期的に開催されている。また、ガラス底のボートから海の生き物を間近に見たり、マナティーやペンギン、ウミガメの餌付けに参加したりすることもできる。